Neben den beiden großen christlichen Kirchen, der reformierten Kirche und der römisch katholischen Kirche, existieren in Deutschland auch eine Vielzahl von Freikirchen. Diese können weiter unterteilt werden in traditionelle Freikirchen und moderne Freikirchen sowie in unterschiedliche Strömungen wie Evangelische Kirchen oder Pfingstgemeinden.
Bei den traditionellen Freikirchen handelt es sich um christliche Strömungen, die bereits seit einer langen Zeit, in der Regel seit mehreren hundert Jahren, existieren, die sich aber von den beiden großen Kirchen unterscheiden. Beispiele für solche Strömungen sind zum Beispiel die Arbeitsgemeinschaft Mennonitischer Gemeinden in Deutschland, der Freikirchlicher Bund der Gemeinde Gottes oder der Bund Freier evangelischer Gemeinden in Deutschland. Die meisten traditionellen Freikirchen stehen der reformierten Kirche näher als der römisch-katholischen Kirche, unterscheiden sich aber dennoch merklich von dieser. Auch untereinander unterscheiden sich die Freikirchen zum Teil stark.
Neben den traditionellen Freikirchen existieren auch die modernen Freikirchen. Diese wurden in den letzten Jahren oder Jahrzehnten gegründet und sind somit noch relativ jung. Oftmals versuchen sie auch, ihre junge Ausstrahlung zu nutzen, um Zielgruppen anzusprechen, die mit den traditionellen Kirchen und Freikirchen nichts am Hut haben. Ein Beispiel hierfür sind die Jugend Trendbewegungen, die versuchen, besonders jüngere Gläubige anzusprechen. Dies erfolgt oft mit modern gestalteten Gottesdiensten mit moderner Musik, Multimedia Elementen und einer modernen Sprache. Es gibt jedoch auch moderne Freikirchen, die sich mehr traditionell Verhalten. Ein Beispiel hierfür sind die Neocalvinistischen Kirchen, welche sich auf die Lehren von Jean Calvin berufen, jedoch keine Heimat in der traditionellen calvinistischen Kirche finden.
Die meisten Freikirchen sind anderen christlichen Strömungen gegenüber sehr offen und arbeiten mit diesen in der Ökumene zusammen. Viele Freikirchen sind auch untereinander gut vernetzt, zum Beispiel durch die Vereinigung Evangelischer Freikirchen oder die Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen in Deutschland. Einige wenige Freikirchen lehnen die Zusammenarbeit mit anderen Kirche jedoch ab, allerdings sind diese stark in der Unterzahl.